根据病原微生物的传染性、感染后对个体或者群体的危害程度，将病原微生物分为四类，第一类、第二类病原微生物统称为高致病性病原微生物。

第一类病原微生物，是指能够引起人类或者动物非常严重疾病的微生物，以及我国尚未发现或者已经宣布消灭的微生物。我国目前规定的第一类病原微生物全是病毒，没有细菌，如高致病禽流感病毒、非洲猪瘟病毒、天花病毒、刚果热病毒、埃博拉病毒、委内瑞拉病毒、黄热病毒等，共计29种病毒。

第二类病原微生物，是指能够引起人类或者动物严重疾病，比较容易直接或者间接在人与人、动物与人、动物与动物间传播的微生物。如狂犬病病毒，此次新型冠状病毒暂按照第二类病原微生物进行管理。 炭疽芽孢杆菌、布氏杆菌等也属于第二类病原微生物。

第三类病原微生物，是指能够引起人类或者动物疾病，但一般情况下对人、动物或者环境不构成严重危害，传播风险有限，实验室感染后很少引起严重疾病，并且具备有效治疗和预防措施的微生物。

第四类病原微生物，是指在通常情况下不会引起人类或者动物疾病的微生物。